Pelaksanaan perkuliahan menggunakan sistem SKS yang berjumlah kurang lebih 155 SKS. Secara garis besar, jumlah SKS dibagi kedalam dua unsur yaitu unsur teori dan unsur praktek yang secara keseluruhan diselenggarakan selama 8 semester dengan rasio atau perbandingan masing-masing 30% teori dan 70% praktik.

Pelaksanaan kegiatan praktek dilakukan melalui tiga cara, yaitu praktek laboratorium, praktek lapang dan praktek magang kerja. Sistem evaluasi pendidikan terdiri atas ujian tengah semester, ujian akhir semester dan ujian KIPA.

Sistem penilaian terhadap taruna dilakukan secara periodik setiap semester. Seorang Taruna harus mencapai IP minimal 2,50 untuk dapat dinyatakan lulus ujian dan berhak mengikuti semester selanjutnya. Sebaliknya bila tidak memenuhi jumlah IP minimal tersebut, maka yang bersangkutan dinyatakan gugur (dropped out).

Penulisan Karya Ilmiah Praktek Akhir merupakan suatu persyaratan mutlak untuk memperoleh sebutan Sarjana Terapan Perikanan (S.Tr.Pi).

Selanjutnya, sistem pendidikan di Politeknik AUP juga dilengkapi dengan pembinaan fisik dan mental melalui sistem semi-militer. Hal ini dimaksudkan untuk membekali para taruna dengan disiplin yang tinggi serta karakter yang kuat. Sistem ini juga sangat bermanfaat dalam rangka mengembangkan sikap kepemimpinan maupun kapabilitas ilmu pengetahuan.