Pada tahun 2026, BPISDKP memiliki 10 (sepuluh) Indikator Kinerja Utama (IKU) yang dirumuskan dan direncanakan sebagai bagian dari tugas pokok dan fungsi unit kerja. IKU tersebut merupakan turunan dari Rencana Kerja Sekretaris Jenderal KKP. Hingga Triwulan I Tahun 2026 seluruh IKU telah terlaksana secara baik dan telah ada beberapa IKU yang bisa diukur capaiannya. IKU tersebut adalah IKU Persentase Rekomendasi Hasil Pengawasan yang Dimanfaatkan Untuk Perbaikan Kinerja di BPISDKP sebesar 116,28% dan IKU Nilai Kepuasan Pelanggan Pelayanan Publik BPISDKP dengan nilai 108,65. Nilai kinerja BPISDKP selama Triwulan I tercatat mencapai 113,23% dan pengelolaan anggaran BPISDKP telah menghasilkan penyerapan sebesar 12,48%.