Melaksanakan pencegahan masuk dan tersebarnya hama dan penyakit ikan karantina dari luar negeri dan dari suatu area ke area lain di dalam negeri, atau keluarnya dari dalam wilayah Negara Republik Indonesia, pengendalian mutu dan keamanan hasil perikanan, penerapan sistem manajemen mutu, dan pengawasan keamanan hayati ikan.

Penyusunan pemantauan, dan evaluasi rencana, program, dan anggaran, serta pelaporan dibidang pelayanan operasional karantina ikan, pengendalian mutu, dan keamanan hasil perikanan;

Pelaksanaan inspeksi, verifikasi, surveilan, audit, dan pengambilan contoh ikan dan hasil perikanan di unit pengolahan ikan dalam rangka sertifikasi penerapan program manajemen mutu terpadu;

Pelaksanaan pencegahan masuk dan tersebarnya hama dan penyakit ikan karantina dari luar negeri dan dari suatu area ke area lain di dalam negeri, atau keluarnya dari dalam wilayah Negara Republik Indonesia;

Pelaksanaan pencegahan keluar dan tersebarnya hama dan penyakit ikan tertentu dari wilayah Negara Republik Indonesia yang dipersyaratkan negara tujuan;

Pelaksanaan tindakan karantina terhadap media pembawa hama dan penyakit ikan karantina/hama dan penyakit ikan tertentu, jenis ikan dilindungi, dilarang, dibatasi, dan invasif, serta benda lain;

Pelaksanaan pengujian terhadap hama dan penyakit ikan karantina, hama dan penyakit ikan tertentu, mutu dan keamanan hasil perikanan, dan keamanan hayati ikan;

Pelaksanaan sertifikasi kesehatan ikan, sertifikasi mutu dan keamanan hasil perikanan, dan sertifikasi keamanan hayati

Pelaksanaan pengelolaan dan pelayanan laboratorium dan instalasi;

Pelaksanaan pembuatan koleksi media pembawa, hama dan penyakit ikan karantina, dan/atau hama dan penyakit ikan tertentu;

Pelaksanaan pemantauan terhadap hama dan penyakit ikan karantina, mutu dan keamanan hasil perikanan, dan keamanan hayati ikan;

Pelaksanaan pengawasan terhadap hama dan penyakit ikan karantina dan keamanan hayati ikan;

Pelaksanaan surveilan terhadap hama dan penyakit ikan karantina dan keamanan hayati ikan;

Penerapan sistem manajemen mutu pelayanan operasional dan laboratorium;

Penindakan pelanggaran perkarantinaan ikan, pengendalian mutu dan keamanan hasil perikanan, dan keamanan hayati ikan;

Pengumpulan, pengolahan data dan informasi perkarantinaan ikan, pengendalian mutu dan  keamanan hasil perikanan, dan keamanan hayati ikan; dan pelaksanaan urusan ketatausahaan