Akademi Komunitas Kelautan dan Perikanan Wakatobi mempunyai tugas menyelenggarakan pendidikan vokasi yang berbasis keunggulan lokal atau untuk memenuhi kebutuhan khusus, penelitian, dan pengabdian kepada masyarakat dibidang kelautan dan perikanan

Penyusunan, pemantauan, dan evaluasi rencana, program, dan anggaran, serta pelaporan kegiatan Akademi Komunitas Kelautan dan Perikanan Wakatobi;
Penyusunan rencana dan program pendidikan;
Pelaksanaan dan pengembangan pendidikan vokasi setingkat diploma satu dan/atau diploma dua dibidang kelautan dan perikanan;
Pelaksanaan pengawasan internal;
Pengelolaan kesejahteraan dan praktik kerja taruna serta urusan alumni;
Pembinaan sivitas akademika dan hubungan dengan lingkungan;
Pengelolaan administrasi akademik dan umum;
Pengelolaan keuangan, kepegawaian, tata usaha, dan kerumahtanggaan;
Pengelolaan perpustakaan, laboratorium, instalasi, prasarana, dan sarana lainnya;
Pelaksanaan penelitian dan pengabdian kepada masyarakat;
Pengembangan sistem penjaminan mutu; dan
Pembinaan karakter.