Dalam rangka untuk mendukung utilisasi yang optimal atas pejabat fungsional tertentu, diperlukan penilaian atas pengelolaan kinerja pejabat fungsional tertentu tersebut. Evaluasi ini juga dapat menjadi bahan masukan untuk menentukan nilai relatif suatu jabatan dalam organisasi, yang kemudian digunakan untuk berbagai keperluan seperti penentuan struktur gaji, pengembangan karir, dan peningkatan efisiensi organisasi, dsb.

Evaluasi bertujuan untuk menilai aspek pengelolaan kinerja pejabat fungsional tertentu. Adapun ruang lingkup pengelolaan kinerja tersebut mencakup:  1). Perencanaan kinerja yang meliputi penetapan dan klarifikasi ekspektasi; 2). Pelaksanaan, pemantauan, dan pembinaan kinerja yang meliputi pendokumentasian kinerja, pemberian umpan balik berkelanjutan, dan pengembangan kinerja Pejabat Fungsional; 3). Penilaian kinerja Pejabat Fungsional yang meliputi evaluasi kinerja Pejabat Fungsional; dan 4). Tindak lanjut hasil evaluasi kinerja Pejabat Fungsional yang meliputi pemberian penghargaan dan sanksi.

Evaluasi kinerja Pejabat Fungsional dilaksanakan secara periodik maupun tahunan paling singkat 1 (satu) kali dalam 1 (satu) tahun dan ditetapkan dalam Predikat Kinerja periodik Pejabat Fungsional. Penetapan Predikat Kinerja dilakukan oleh Pejabat Penilai Kinerja yang terdiri atas: 1. Sangat Baik; 2. Baik; 3. Cukup/Butuh Perbaikan; 4. Kurang; atau 5. Sangat Kurang.

Predikat kinerja dikonversikan ke dalam perolehan Angka Kredit tahunan dengan ketentuan sebagai berikut:

1. Sangat baik, ditetapkan nilai kuantitatif sebesar 150% (seratus lima puluh persen) dari koefisien Angka Kredit tahunan sesuai dengan jenjang JF;

2. Baik, ditetapkan nilai kuantitatif sebesar 100% (seratus persen) dari koefisien Angka Kredit tahunan sesuai dengan jenjang JF;

3. Cukup/butuh perbaikan, ditetapkan nilai kuantitatif sebesar 75% (tujuh puluh lima persen) dari koefisien Angka Kredit tahunan sesuai dengan jenjang JF;

4. Kurang, ditetapkan nilai kuantitatif sebesar 50% (lima puluh persen) dari koefisien Angka Kredit tahunan sesuai dengan jenjang JF; dan

5. Sangat kurang, ditetapkan nilai kuantitatif sebesar 25% (dua puluh lima persen) dari koefisien Angka Kredit tahunan sesuai dengan jenjang JF.

Beberapa pelaksanaan evaluasi tersebut antara lain:

1. Evaluasi Jabatan Fungsional lingkup BPPSDMKP di Provinsi DKI Jakarta 
2. Evaluasi Jabatan Fungsional lingkup Ditjen Perikanan Budi Daya di Provinsi DKI Jakarta 
3. Evaluasi Jabatan Fungsional Tertentu Tahun 20242025 pada Ditjen Perikanan Tangkap
4. Evaluasi Jabatan Fungsional Tertentu pada Biro SDMAO Sekretariat Jenderal 
5. Evaluasi Jabatan Fungsional Tertentu pada  Sekretariat  Direktorat Jenderal Pengelolaan Kelautan 
6. Evaluasi Jabatan Fungsional Tertentu pada  Sekretariat  Direktorat Jenderal Penataan Ruang Laut 
7. Evaluasi Jabatan Fungsional Tertentu (JFT) pada Inspektorat Jenderal Tahun 2025 di Provinsi DKI Jakarta
8. Evaluasi Jabatan Fungsional Tertentu (JFT) lingkup BPPMHKP Tahun 2025 di Prov. DKI Jakarta 
9. Evaluasi Jabatan Fungsional Tertentu lingkup Ditjen PDSPKP Tahun 2024 - 2025 di Provinsi DK Jakarta 
10. Evaluasi Jabatan Fungsional Tertentu pada  Sekretariat  Direktorat Jenderal Penataan Ruang Laut

Beberapa hal yang akan menjadi fokus penilaian melalui evaluasi ini antara lain: 1) Pengisian Formasi Jabatan Fungsional Tertentu, 2) Pelaksanaan Mutasi Alih Pejabat Fungsional Tertentu, 3) uraian tugas dan kedudukan Pejabat Fungsional Tertentu, 4) Pelaksanaan Pengembangan Pola Karier dan Kompetensi Pejabat Fungsional Tertentu, 5) Penilaian Kinerja Pejabat Fungsional Tertentu, 6) Pemanfaatan Hasil Kinerja Pejabat Fungsional Tertentu, dsb.